Struktura OAPPu opiera się na czterech pionach: organizacyjnym, naukowym, publicystycznym i eksperckim.
Pion organizacyjny, czyli zarząd i pozostała część administracji, tworzą warunki dla rozwoju OAPPu oraz kierują całą jego działalnością.
Pion naukowy, a więc prawnicy i politolodzy biorący udział w pracach redakcji periodyków oraz współpracujący z Ośrodkiem pracownicy Uniwersytetu Gdańskiego, uczestniczą w dyskursie prowadzonym przez polskie środowiska naukowe.
Osoby skupione wokół pionu publicystycznego, poprzez pryzmat obowiązującego prawa, komentują bieżące wydarzenia polityczne.
Z kolei eksperci z ostatniego pionu zajmują się organizacją kursów i szkoleń, a także konsultingiem i doradztwem prawnym.
